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Control反应的扩增
(TaKaRa LA PCR™ Kit Ver.2.1) |
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Control反应 |
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A. LA 篇 |
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本试剂盒作为control包含HT29来源的基因组DNA及扩增约17.5kb区域所需的引物。 |
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1. 按下述所示制备反应液。
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反应液量 |
终浓度 |
10×LA PCR Buffer II(Mg2+ plus) |
5 μl |
[1×] |
dNTP Mixture |
8 μl |
各400 μM |
Control Primer LA3 |
1 μl |
0.2 μM |
Control Primer LA4 |
1 μl |
0.2 μM |
TaKaRa LA Taq |
0.5 μl |
2.5 U/50 μl |
Control Template |
2 μl |
200 ng/50 μl |
灭菌水 |
32.5 μl |
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Total |
50 μl |
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2. 为防止样品蒸发、使用50 μl矿物油*或Ampli Wax PCR Gem**1个覆盖反应液。(使用TaKaRa PCR Thermal Cycler MP 或PERSONAL时不需要) |
* 反应结束后如需完全去除矿物油,使用100 μl氯仿进行抽提。
** 如果使用Ampli Wax PCR Gem,不需要进行氯仿抽提。另外,Hot Start法可以自动化。 |
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3. 将反应管置于Thermal Cycler中。
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4. 按以下条件进行PCR反应。 |
98℃ |
20 sec.* |
30 cycles |
68℃ |
15 min. |
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* 如果使用的是TaKaRa PCR Thermal Cycler MP,PERSONAL按照下述条件进行PCR反应。 |
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不需要使用矿物油和PCR用Wax。 |
98℃ |
10 sec. |
30 cycles |
68℃ |
15 min. |
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5.反应结束后、取部分反应液(5~10 μl)进行凝胶电泳,确认反应产物。使用Control Primer LA时,能确认得到约17.5 kb的条带。 |
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B. GC rich篇 |
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本试剂盒作为Control,包含HT29来源的基因组DNA以及扩增约1,255 bp区域(GC含量65%)所需的引物。 |
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1. 按下述所示制备反应液。 |
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反应液量 |
终浓度 |
2×GC Buffer I或2×GC Buffer II |
25 μl |
[1×] |
dNTP Mixture |
8 μl |
各400 μM |
Control Primer GC1 |
1 μl |
0.2 μM |
Control Primer GC2 |
1 μl |
0.2 μM |
TaKaRa LA Taq |
0.5 μl |
2.5 U/50 μl |
Control Template |
1 μl |
100 ng/50 μl |
灭菌水 |
13.5 μl |
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Total |
50 μl |
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2. 同A.LA篇 |
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3. 同A.LA篇
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4. 按以下条件进行PCR反应。
(Thermal Cycler TP2000、TP480、MP、PERSONAL等) |
94℃ |
1 min |
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94℃ |
30 sec. |
30 cycles |
60℃ |
30 sec. |
72℃ |
2 min. |
72℃ |
5 min. |
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5.反应结束后、取部分反应液(5~10 μl)进行凝胶电泳,确认反应产物。使用Control Primer GC时,能够确认得到1,255 bp的条带。 |
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操作注意 |
· 推荐DNA使用量 |
人基因组DNA |
0.1 μg~1 μg/50 μl PCR |
大肠杆菌基因组DNA |
10 ng~100 ng/50 μl PCR |
λ噬菌体DNA |
0.5 ng~2.5 ng/50 μl PCR |
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·扩增长链DNA时的反应液体积,建议为10~50 μl。反应液体积大于50 μl时,可能会降低扩增效率。
·扩增长链DNA时用的引物,需设计为高特异性引物。为提高特异性,引物为30~35 mer时效果较好。
·模板DNA尽量使用纯度较高的样品。此外,扩增长链DNA时的模板DNA量,通常为一般PCR时的4~5倍量。
·试剂盒中的试剂恢复至室温~37℃并完全溶解后,使用移液器或将反应管上下颠倒使其充分混匀。请尽量避免vortex?;煸?0×LA PCR Buffer(以及2×GC Buffer)、TaKaRa LA Taq时,操作时请注意不要产生气泡以避免引起酶失活。另外,试剂盒中各试剂至使用前于冰上保存。
·反应开始前,轻轻吸打混匀反应液。此时,注意一定不要使用vortex。
·如果样品DNA有蛋白酶污染,先进行热变性操作(denaturation step),之后加入TaKaRa LA Taq。通过热失活蛋白酶能够防止TaKaRa LA Taq的降解。 |
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